Электропоезд построен в пятивагонной составности (01,02,04,10,09) в мае 2000 года.

С завода поступил в депо Минеральные Воды Северо-Кавказской ж.д., где был укомплектован до шестивагонной составности прицепным вагоном от электропоезда ЭД4М-0032.

3 сентября 2003 года в результате террористического акта был взорван вагон 04 электропоезда сообщением Кисловодск - Минеральные Воды. 5 человек погибло, 12 пострадало.
Вагон 04 был списан в июле 2004 года. Вместо него с апреля 2004 года на постоянной основе эксплуатируется вагон ЭД4М-2004.

В июне 2006 года передан в депо Туапсе Северо-Кавказской ж.д.

В марте 2008 года вагоны 01,02,10,09 переданы в депо Минеральные Воды на участок Дербент-Граница Северо-Кавказской ж.д.

В мае 2012 года эти четыре вагона переданы в депо Белореченская Северо-Кавказской ж.д.

В июне 2013 года вагоны 01,02,10,09 переданы в депо Минеральные Воды Северо-Кавказской ж.д.
В октябре 2014 года вагон 02 был переведен в запас.

В сентябре 2015 года передан в депо Данилов Северной ж.д. в составности: 003901, 003106, 003910, 003909.

В 2020 году передан в депо Курган Свердловской ж.д.

В августе 2020 года после КР на КрЭВРЗ передан в депо Москва-2 Московской ж.д.