Электропоезд построен в десятивагонной составности в апреле 1964 года.

С завода поступил в депо Новосибирск Западно-Сибирской ж.д.

Сцеп вагонов ЭР2-45409-45410-45407 разбит в июле 2001 года по причине нелепой халатности машиниста: он оставил машину на ст. Новосибирск-Главный не на тормозах и не на башмаках без присмотра. Так как электропоезд находился на пути с небольшим уклоном, через некоторое время он самопроизвольно начал движение, разогнался до скорости 30-40 км/ч, выехал на тупиковый путь возле ж/д моста через реку Обь, сошёл с пути и врезался в сторожевую будку охранника моста. В результате вагоны ЭР2-45409 и ЭР2-45407 списаны, а на базе вагона ЭР2-45410 построена электромотриса МВ-02. В составе на месте вагона ЭР2-45409 был закреплён вагон ЭР2-65201.

Списан в 2007 году.